Voir aussi Les antibiotiques en chirurgie: aperçu
 
Une infection postopératoire peut se déclarer jusqu'à 30 jours après une opération, voire même 90 jours en cas d'utilisation d'implants. En médecine vétérinaire, on utilise actuellement la définition des CDC utilisée en médecine humaine :
 
Tableau 5. Définitions des ISO selon les CDC
 

Les ISO superficielles peuvent être traitées sous contrôle avec des antiseptiques locaux. Si le patient présente en plus de la fièvre et/ou d'autres signes d'infection systémique (leucocytose, augmentation de la CRP chez les chiens / augmentation de la SAA chez les chats, avec un taux supérieur à la valeur enregistrée après l'opération), il est recommandé de lui administrer en plus des antibiotiques à titre thérapeutique.
 
À partir du stade d'ISO profonde, il est indiqué, dans un premier temps, de débrider la plaie en retirant les tissus enflammés et nécrotiques et d'administrer des antibiotiques par voie systémique. Selon l'opération, il est possible que l'administration d'antibiotiques par voie systémique suffise à elle seule. Le traitement devrait toujours être effectué selon les résultats d'un antibiogramme.
Si l'infection est confirmée par les symptômes de l'animal et les résultats d'analyse du matériel prélevé par ponction, il est recommandé de traiter le patient avec un antibiotique à large spectre jusqu'à l'obtention des résultats de la culture bactérienne. L'échantillon doit être prélevé de manière strictement aseptique et toute contamination ultérieure doit être évitée. Selon les résultats de la culture et de l'antibiogramme, le traitement antibiotique peut éventuellement être adapté si l'état clinique de l'animal ne s'est pas amélioré entre-temps.
Il est recommandé de recourir en première ligne à des antibiotiques bêta-lactame avec ou sans inhibiteurs de bêta-lactamases. En particulier chez les patients qui ont déjà été traités avec des antibiotiques durant la phase périopératoire lors de la première opération, il est absolument nécessaire d'effectuer un frottis de la plaie lors du débridement, car ces patients présentent un risque accru d'infection par un germe résistant.
Si l'état clinique ne s'améliore pas avec le traitement initial, le traitement antibiotique doit être adapté, le cas échéant, d'après les résultats du test de résistance. Il faut toutefois s'assurer que tous les autres facteurs déclencheurs ont été traités de manière adéquate. S'il reste des tissus nécrotiques et qu'une infection systémique importante persiste, un traitement ouvert de la plaie peut être préférable à une nouvelle fermeture.