Misoprostol ist ein synthetisches Prostaglandin E1 Analog. Der chemische Name lautet (±)Methyl 11-alpha,16-Dihydroxy-16-methyl-9-oxoprost-13E-en-1-oat (C22H38O5).
Misoprostol ist eine gelbe, visköse, modrig riechende Flüssigkeit mit einem Molekulargewicht von 382,5 (Plumb 1999a). Die Löslichkeit in Wasser ist gut (O'Neil 2001a).