Zonisamid ist ein Benzisoxazol-Derivat, welches zu den Sulfonamiden gehört und nicht mit anderen antikonvulsiven Wirkstoffen verwandt ist. Sein chemischer Name lautet 1,2-benzisoxazol-3-methanesulfonamid und die Summenformel ist C8H8N2O3S. Das Molekulargewicht beträgt 212,23 g/mol (NCBI 2011a; Papich 2009c). Das weisse, geruch- und geschmacklose Pulver hat einen hohen pKa-Wert von 10,2 und ist mässig löslich in Wasser (0,8 mg/ml), Chloroform und n-Hexan sowie löslich in Methanol, Ethanol, Ethylacetat und Essigsäure (O'Neil 2001a; Plumb 2011a; NCBI 2011a).