Cisaprid ist ein substituiertes Piperidinyl-Benzamid (Plumb 1999a; Forth 1998a). Strukturell, aber nicht pharmakologisch, ist es mit Procainamid verwandt. Kommerziell ist es als Monohydrat erhältlich, aber die Wirksamkeit wird für das Anhydrat beschrieben (Plumb 1999a). Cisaprid ist gut löslich in organischen Lösungsmitteln wie Methanol, sauren wässrigen Lösungen (z.B. Weinsäure) und Propylenglykol. Dagegen ist es nicht löslich in Wasser und alkalischen wässrigen Lösungen (Cook 1997a).