Fondaparinux ist ein synthetisches Pentasaccharid, welches der Bindungsstelle des Heparins für Antithrombin entspricht (O'Neil 2001a). Die Summenformel lautet C31H53N3O49S8 und das Molekulargewicht beträgt 1508,217 g/mol (NCBI 2011a). In den handelsüblichen Arzneitmitteln liegt es als Natriumsalz vor.